Бухгалтерский форум

В вашем вопросе на самом деле несколько вопросов и не очень понятно, что именно вы хотите узнать. Попробуем ответить по порядку исходя из того, как мы вас поняли.
Вопрос 1. Особенности раздельного НДС-учета при вашей деятельности.
Из вашего вопроса мы поняли, что в настоящее время вы не применяете освобождение от НДС. Поскольку отказаться от льготы по п. 2 ст. 149 НК невозможно, мы предполагаем, что вы реализуете ПО, которое не включено в единый реестр российских программ.
Передача неисключительных прав по лицензионному договору для целей исчисления НДС относится к услугам и при отсутствии освобождения облагается НДС, если их покупатель ведет деятельность на территории РФ  <пп. 1 п. 1 ст. 146, пп. 4 п. 1 ст. 148 НК РФ, пп. 4 п. 29 Протокола о взимании косвенных налогов в рамках ЕАЭС, п. 9 Постановления Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33>. Соответственно, если неисключительные права на ПО передаются покупателю, который ведет деятельность только за рубежом, то НДС такие услуги не облагаются.
Если у вас такая ситуация, то у вас есть облагаемые НДС операции – по реализации ПО в России, и операции, которые НДС не облагаются, так как реализованы за пределами РФ.
Однако поскольку на ваши операции не распространяется освобождение по ст.149 НК РФ, то для целей вычета входного НДС получается, что даже экспорт ваших услуг (передача неисключительных прав на ПО иностранным покупателям) относится к облагаемым операциям.
На эту тему в журнале "Главная книга", 2019, N 14 было опубликовано интервью с Лозовой Анной Николаевной «Изменения в порядке вычета входного НДС» (только в 2019 году на все программы распространялось освобождение от НДС).
Следовательно, для целей НДС-вычетов и раздельного учета в настоящее время все ваши операции по реализации ПО (как на внутреннем рынке, так и на внешнем) приравниваются к облагаемым. В том числе это касается входного НДС по ОС, лицензионным платежам за использование ПО и общехозяйственным расходам.